本发明公开了一种磁性共价有机框架材料的制备方法及其应用，所述磁性共价有机框架材料是以哌嗪和三聚氯氰为构筑单元，形成共价有机框架，然后负载在磁性四氧化三铁表面所形成的有机框架材料，本发明较好地解决了共价有机框架材料现有的粒径小、稳定性差和难以从水体中分离的问题。本发明采用溶剂热法，以具有磁性的四氧化三铁纳米颗粒为载体，先将其浸入含有哌嗪的配体溶液中，然后滴加三聚氯氰配体溶液，在恒温条件下进行水热反应，得到磁性共价有机框架材料。本发明设计的材料具有在水中的可分离能力强、对水体污染物吸附量大、机械强度高以及环境友好等特点。