本发明提供了水稻抗褐飞虱主效基因Bph30的分子标记及其应用。通过将水稻抗虫品种AC1613（♂）与感虫品种9311（♀）杂交获得的F2各单株的基因型，结合F2各单株的抗褐飞虱表型进行遗传连锁分析，获得抗虫品种AC1613抗性基因Bph30并定位于分子标记RM16290和RM16303之间。与该基因连锁的分子标记还有SSR‑28、RM16294、SSR‑68、SSR‑69、RM16299、Indel‑15、Indel‑16、SSR‑35。本发明中的分子标记可以有效检测水稻中是否含有该主效基因位点，大大提高抗褐飞虱水稻的选择效率，获得含有Bph30基因的抗褐飞虱水稻品种。