本发明提供一种自动交易系统及自动清点方法。控制装置设定至少一个自动清点开始时刻，利用各台自助设备的固有信息，根据设定的至少一个自动清点开始时刻生成各台自助设备的自动清点开始时刻，并向各台自助设备通知各自的自动清点开始时刻。各台自助设备从控制装置接收自身的自动清点开始时刻，并于自身的自动清点开始时刻开始执行自动清点处理。自助设备的固有信息包括自助设备的状态信息、自助设备的余额信息、自助设备的识别信息和自助设备的店铺信息中的至少一种信息。由此，避免了由工作人员手动指定多台自助设备的自动清点开始时刻时进行的烦杂的操作，而且能够尽可能缩短由于多台自助设备同时进行自动清点处理而导致用户无法利用的时间。