本发明涉及肥料领域，提供了一种硅藻土基硅肥的制备方法，其包括：将硅藻土置于碱性溶液中形成悬浊液，对悬浊液加热保温后，冷却，进行固液分离，取分离液；向分离液中加入酸性溶液调节分离液的pH值至8～10，加热充分搅拌后冷却。该制备方法有效地将有害金属分离，达到降低硅藻土内重金属含量的目的，硅藻土基硅肥呈碱性，有利于改善土壤的酸度，进而改良土壤，该制备方法具有简单易行、成本低廉、易于推广等优点。此外，还提供了一种硅藻土基硅肥，其是由上述硅藻土基硅肥的制备方法制得。该硅藻土基硅肥的含硅量高，更易于作物吸收，仅少量施用即可大大增加作物产量，并且其施用方式多样化，可以进行根系施肥，也可以作为叶面肥施用。