本发明涉及一种多层桥梁结构的交叉施工方法，其在异形箱梁交接墩柱位置搭设交接墩满堂碗扣排架；在主线桥两幅桥面上分别搭设贝雷梁中间支顶碗扣排架和门洞碗扣排架；在主线桥桥底每幅两侧分别设钢管柱支撑，并在钢管柱支撑上方连接顺桥向贝雷梁，在顺桥向贝雷梁上方横跨横桥向贝雷梁；横桥向贝雷梁上设置梁底支架与异形箱梁梁底模板相接，既避开了中间建筑物，又满足了整体排架的承载力和稳定性要求，从而保证了施工安全和施工进度；分别根据不同位置设置相应的排架，因此能够节约施工成本；同时由于主桥面上门洞碗扣排架的设置，又能够满足交通畅通要求。