本发明公开了一种金针菇多糖的提取方法，具体为：将粉碎过的金针菇实体依次用石油醚、75±10%乙醇进行室温浸提，所得残渣再用水于90±5℃进行热煎煮，过滤，滤液醇沉，取沉淀物依次用无水乙醇、丙酮、石油醚洗涤，再经冷冻干燥即得金针菇多糖。本发明还公开了所述金针菇多糖在治疗功能性便秘药物方面的应用。本发明经试验发现：金针菇多糖能显著升高血清中的胃动素(MTL)、胃泌素(GAS)及P物质含量，降低生长抑素(SS)的含量，从而有效改善功能性便秘。说明：金针菇多糖是治疗功能性便秘的理想药物。