本发明公开了一种厌氧反应控制方法及控制系统。其中该控制方法包括接收现场控制器发送的现场运行参数、地域信息和物料信息；将所述现场运行参数、地域信息和物料信息与预先建立的厌氧反应的理论模型中的目标数据进行比选，获取现场控制器所需目标参数；将所述目标参数发送给所述现场控制器。通过上述控制方法在线分析现场厌氧反应的工艺参数和/或操作参数，获取现场控制器所需目标参数。通过上述控制方法，能时刻监测多变和不稳定的厌氧反应，并及时筛选出目标参数，并将目标参数发送给现场设备，控制现场设备按照目标参数进行工作，保证产气效率的最大化。