本发明属于煤层气资源开采技术领域，为了解决穿越采空区的裂隙带或冒落带时，由于泥浆漏失，导致无法安全钻进施工的问题，本发明提供了一种小导孔注浆加固煤层气井穿越采空区的施工方法，采用二开钻进施工工艺，二开钻进穿越采空区裂隙带和冒落带时，通过先施工小导孔，然后在小导孔中注浆，形成封闭小导孔周围裂隙的圆柱形注浆加固区，再继续施工二开钻孔。采用本方法进行采空区煤层气井钻孔施工，既可以保障煤层气井安全顺利完成采空区破碎岩层的钻进，又可以大大增强煤层气井井壁围岩整体稳定性。