本发明公开了一种低糖基人参次苷群及其苷元的制备方法，尤其是一种利用从人参属植物中提取的总皂苷和水解酶、不需要分离拆分总皂苷为原人参二醇类皂苷PPD和原人参三醇类皂苷PPT，而直接酶转化多糖基人参总皂苷制备低糖基人参次苷的方法。产物人参次苷中，包含二糖基的人参皂苷，单糖基的人参皂苷，不含糖基的皂苷元和微量其他皂苷。本方法，在把不易吸收、活性低的多糖基人参皂苷，酶转化为易吸收、高活性的低糖基人参次苷的同时，又不改变原有人参中二醇类皂苷和三醇类皂苷的摩尔比例，产品的功效更加平衡、全面，对人体更安全；二醇类、三醇类低糖基皂苷及其苷元的协同促溶促效，大大提高产物水溶性、药理活性，药效更加突出。