本发明公开了一种无人机与卫星混合网络通信路由方法及系统，其方法包括：基于随机连接预测模型，构造出含有随机节点和确定节点的概率连接图；设计基于概率连接图的路由算法进行无人机与卫星混合网络通信路由。本发明基于无人机与小卫星的混合网络，提出了一种路由算法解决传统的路由不能应对多种节点的网络路由问题，并提出了随机连接的预测模型得到此路由算法所需的连接信息；此外，将这种路由算法与传统的路由算法进行了对比分析，可以得到本发明所提出的算法能够在混合网络路由选择中得到更少的传输时延以及传输损耗。