本发明提供一种降低烟草青枯病发病率的轮作方法。该方法采用小麦和万寿菊(或红薯)作物组合与烟草轮作，具体做法是：第一年按常规方法栽植烟草；烟叶收获后种植小麦；第二年在小麦收获后栽植万寿菊(或红薯)，在万寿菊(或红薯)收获后，种植小麦；第三年在小麦收获后栽植万寿菊(或红薯)，在万寿菊(或红薯)收获后，对土壤深翻晒垡；第四年按常规方法栽植烟草；如此反复进行烟草→小麦—万寿菊(或红薯)→小麦—万寿菊(或红薯)→烟草轮换种植。采用本方法能够有效控制烟草青枯病的发生，降低发病率，改良土壤理化性质，提高烟叶产质量。