本发明公开了一种水稻抗褐飞虱基因BPH3基因型鉴定的特异性分子标记引物及其应用，包括BPH3‑RF、BPH3‑RR、BPH3‑SF、BPH3‑SR，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:4所示。该方法以待检测水稻的基因组DNA为模板，用4条引物序列BPH3‑RF、BPH3‑RR、BPH3‑SF、BPH3‑SR进行PCR扩增，如该待测水稻扩增产物大小为348bp的条带，则该待测水稻为含BPH3基因的候选抗褐飞虱水稻。该方法可用于选育抗褐飞虱水稻，缩短抗褐飞虱水稻的育种周期，加快育种速度，降低育种成本，具有操作简单，成本低廉，周期短等优点。