本发明公开了一种智能电能表运行误差运行诊断分析方法及系统，包括：根据预设周期分别获取用户档案和用电数据，其中所述电量数据包括：至少一个周期的台区考核用电能表的供电电量数据和对应的用户电能表的用电电量数据；根据所述电量数据和用户档案关系数据建立误差计算模型；利用所述误差计算模型对台区考核用电能表的供电电量数据和对应的用户电能表的用电电量数据进行分析，通过线性回归算法计算每个电能表的运行误差；对所述误差计算模型分析运行的进程、数据处理的过程以及数据分析的结果进行监测，并通过Web进行显示。通过大数据技术以台区为单位研究计算台区线损及台区下各智能表运行误差，极大地提高了智能电表的维护效率，并降低了运营费用。