本发明涉及一种防治番茄和梨树主要病害的复配增效杀菌组合物及其应用，该农药组合物活性成分包括氟唑菌酰羟胺和活性成分B；其中活性成分B包括甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂、麦角甾醇合成抑制剂、取代苯胺类杀菌剂、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)BAB‑1中的一种。本发明农药组合物应用于番茄和梨树的灰霉病、早疫病、叶霉病、灰叶斑病、黑星病、轮纹病和黑斑病等主要病害的防治，其速效性和持效性好，作用机制新颖和位点多，能有效延缓病原菌抗药性的发生和发展，对病害不但具有保护作用而且具有良好的治疗作用。该复配增效组合用药量少，有效降低了药剂对果品及环境的污染。