本发明公开了一种基于毛细管电泳荧光SSR指纹图谱鉴别刺槐品种的方法，构建方法步骤包括：(1)刺槐总DNA提取，(2)利用SSR引物进行PCR扩增，(3)PCR扩增产物毛细管电泳，(4)指纹图谱构建；其中：步骤(2)利用公开的四对SSR引物进行刺槐DNA的PCR扩增，所得产物经毛细管电泳检测所得的带型结果，组合形成每个品种或者无性系的SSR指纹图谱，根据指纹图谱的差异，再区分无性系。本发明可以快速、准确、高效的从分子水平为刺槐品种鉴定、新品种选育和遗传改良提供可靠的依据，为中国刺槐遗传资源保存、评价与利用提供参考。