本发明公开了一株异源表达组蛋白去乙酰化酶抑制剂Thailandepsin A的工程菌株，该菌株命名为工程菌株7029‑tdp‑A，是利用Burkholderia sp.DSM7029为出发菌株，通过转座的方法在其基因组上整合了Thailandepsins的生物合成基因簇(tdp)获得。本发明还公开了所述工程菌株在制备组蛋白去乙酰化酶抑制剂Thailandepsin A中的应用。实验证实：本发明的工程菌株7029‑tdp‑A与野生菌株Burkholderia thailandensis E264相比，Thailandepsin A的产量提高了1倍，这为规模化制备和开发组蛋白去乙酰化酶抑制剂类药物奠定了基础。