本发明提供了一种利用离子交换树脂提高盐酸万古霉素纯度的方法，包括以下步骤：（a）将万古霉素发酵液经过滤后通过大孔强酸性阳离子交换树脂进行吸附；（b）当吸附达到饱和后，用去离子水对饱和树脂进行洗涤；（c）步骤（b）后，用碱性水溶液对饱和树脂进行循环洗涤；（d）用洗脱剂对饱和树脂进行洗脱，制得万古霉素洗脱液；（e）将上述洗脱液通过纳滤膜进行浓缩、脱盐，经水洗后制得万古霉素粗品。本发明通过选用特定的大孔强酸性阳离子交换树脂以及特殊的洗涤工艺，并应用膜系统，使得万古霉素中间体的纯度、透光度、色级等质量指标大大提高，本发明生产工艺简单，收率高，易于控制，适于大规模工业化生产。