本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及PAPPA2基因的上游序列片段作为猪免疫性状相关检测的分子标记及应用。所述的分子标记由猪PAPPA2基因的上游序列中克隆得到。本发明筛选得到一种与猪免疫性状相关的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第52位碱基处存在一个A/G的等位基因突变，该突变导致Sequenom分型多态性。本发明公开筛选分子标记的方法和关联分析方法的应用。本发明为猪免疫性状的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记资源。