本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及长丝裂腹鱼微卫星位点及其引物和应用。本发明所述长丝裂腹鱼7个微卫星位点的核酸序列分别为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:7所示。所述引物序列如SEQ ID NO:8~SEQ ID NO:21所示。本发明从长丝裂腹鱼基因组DNA中筛选7个微卫星位点，并在微卫星重复序列两端的侧翼区设计特异性引物进行扩增，获得的产物具有高度的多态性和稳定性，可用于长丝裂腹鱼的群体遗传学、亲缘关系分析、分子标记辅助育种等领域。