本发明公开了一种区域能源互联网集成系统以及优化其配置和运行的方法。本发明的集成系统包括集成能源模块、产能模块、能量转化模块以及能量使用模块，其中，所述的集成能源模块与所述的产能模块、所述能量转化模块、和所述的能量使用模块相连接；并且所述的集成系统还包括能量管理模块，所述能量管理模块用于控制和管理所述集成能源模块的运作。本发明还提供了所述集成系统的配置和运行优化方法，其中根据实时运行和设备数据，以成本最低为目标，计算比较不同方案的成本值确定最优选的配置和运行方案。本发明区域能源互联网集成系统实现多能优化互补，节约成本，提高了综合资源利用率，减少了碳排放。