本发明公开了一种东洋芽孢杆菌菌株以及菌剂制备方法和应用，东洋芽孢杆菌（Bacillus toyonensis）SB3018，保藏单位：中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心（CGMCC），保藏日：2014年11月21日，保藏编号：CGMCC No.10033，所述东洋芽孢杆菌属于真细菌界，后壁菌门，杆菌纲，芽孢杆菌科，芽孢杆菌属。所述的东洋芽孢杆菌（Bacillus toyonensis）SB3018的菌剂，是以所述的东洋芽孢杆菌（Bacillus toyonensis）SB3018经斜面培养、种子培养和发酵制备得到的菌剂。制备方法包括斜面培养、种子培养、发酵和菌剂制备步骤；应用为所述的东洋芽孢杆菌（Bacillus toyonensis）SB3018的菌剂用于制备防治烟草根结线虫病和烟草黑胫病药物中的应用。所述东洋芽孢杆菌为活性成分的制剂对烟草根结线虫具有显著的毒杀作用。