本发明涉及生物防治和生物工程技术领域，具体的说是一种防治水稻纹枯病的组合物及其制备方法。组合物为枯草芽孢杆菌的发酵物和壳寡糖；所述枯草芽孢杆菌为中国典型培养物保藏中心的保藏号为CCTCC M 2015385的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)SY‑BA2。本发明将天然高活性分子壳寡糖与枯草芽孢杆菌SY‑BA2的组合物用于防治水稻纹枯病，其利用壳寡糖能够刺激植物生长和诱导植物产生抗病性的特性与微生物产物相互协同，提高植物抗病性保护植物不受病原菌侵入。两者的进一步的结合是利用壳寡糖刺激植物生长和诱导植物产生抗病性的特性与微生物产物相互协同，提高植物抗病性保护植物不受病原菌侵入，并且对植物病原菌的防效具有明显的增效作用。