本发明公开了一种芯片原子钟的MEMS原子腔的制作方法，利用槽型盖板与硅片形成一个密封腔体，使叠氮化钡BaN6和氯化铷RbCl反应生成的铷蒸汽与反应残渣分离，得到纯净的铷原子MEMS腔，提高了MEMS原子腔的透光性；通过对阳极键合机内的压强进行精确控制，使阳极键合机内的压强略高于MEMS腔体内压强，保证了在第二层硅‑玻璃阳极键合的过程中铷蒸汽不会泄漏，既保证了MEMS腔体内的充铷量又防止铷原子对键合界面的污染，提高了阳极键合的强度，同时提升了MEMS原子腔的性能。通过采用本发明的制作方法，可以去除MEMS原子腔内的杂质，透光性好，并提高MEMS原子腔的成品率。