本发明公开了一种以多孔颗粒为载体的微生物水泥土搅拌桩制备装置，包括水泥浆液容器，水泥浆液容器内部中心设置菌液及培养液容器，菌液及培养液容器经连接管与微生物载体溶液搅拌装置连通，水泥浆液容器下部设置有两根与其内部相通的注浆管和一根与菌液及培养液容器相通的菌液及培养液管；水泥浆液容器上部设置有水泥搅拌机，水泥搅拌机驱动菌液及培养液管和注浆管内的旋转叶片及末端外部设置的搅拌叶片转动；微生物载体溶液搅拌装置包括筒体，筒体上部设置有端盖，端盖中心设置有一根延伸至筒体内的注水管，注水管末端设置有搅拌刀具，筒体内水平设置有升降隔板，升降隔板经多根穿过端盖的竖杆与提手相连。本发明还公开了利用该装置的制备方法。