本发明公开了一种基于双光路的快速扫描装置及应用其的扫描方法，基于双光路的快速扫描装置用于检测被测物体，基于双光路的快速扫描装置包括物镜、数据采集成像单元、辅成像单元、第一分光镜、第二分光镜、第三分光镜、反射光源和透射光源；其中，当打开透射光源时，所述透射光源发出的光线透过被测物体并照射进物镜后，再经过第一分光镜的透射和第二分光镜的透射后进入数据采集成像单元；当打开反射光源时，反射光源发出的光线经过第一分光镜的反射进入物镜后照射至被测物体表面上再反射至物镜中，然后经过第一分光镜的透射后进入所述第二分光镜。本发明能够同时解决快速数据采集和对准的问题，特别适用于晶圆检测或掩膜版检测。