本发明公开了一种声学底质与水柱测试系统及方法。系统包括底质分类声学水槽和移动声学测试平台，底质分类声学水槽包括槽体、底质传送带、底质进出窗口、气泡注入管和导轨；槽体为双层结构，底质传送带横卧在槽体下部，导轨安装在槽体顶部；气泡注入管从槽体顶部伸入到槽体内部。移动声学测试平台包括移动声学测试吊车、可伸缩声学仪器安装杆、控制终端。使用时，通过底质进出窗口送入测试底质，开动传送带将其送入水槽底部，控制终端遥控吊车的前进并采集底质声强数据。本发明克服了传统声学水槽难以直接应用于声学底质测试的缺点，为准确构建声学关系模型，实现声学底质分类提供了良好的试验环境和方法，可在海洋测绘与海洋工程中广泛应用。