本发明提供一种零序电流保护方法及系统，所述方法包括：计算同塔三回线路中两端共母线的第一线路和第二线路的零序电流；基于EMTP仿真模型搭建同塔三回线路实际模型，分别计算所述第一线路和第二线路的零序环流系数；基于所述第一线路和第二线路零序环流系数分别计算零序环流补偿后的第一线路和第二线路的零序电流；根据所述第一线路和第二线路的零序电流以及所述第一线路和第二线路的补偿后的零序电流，判断是否需要零序保护动作。本发明提供的零序电流保护方法准确有效、符合实际工程，有效的避免本线路零序电流保护的误动作。