本发明提供了一种基于虚拟同步发电机故障穿越控制方法及系统，在电网故障时，虚拟同步机DC/DC变流器从恒压控制模式切换为恒压加前馈控制模式，将电压指令值与电压反馈值相减经过PI调节得到第一电流指令值，将第一电流指令值与电流反馈值相减经过PI调节得到第一电压值，对DC/DC变流器进行控制；且虚拟同步机DC/AC变流器从VSG控制模式切换为恒流控制模式，通过无功调压控制得到无功电流，并根据无功电流计算有功电流，根据计算得到的无功电流和有功电流对虚拟同步机DC/AC变流器进行控制。本发明通过虚拟同步发电机系统的模式的转换和控制策略的优化，实现电站式虚拟同步发电机故障穿越，保证电力系统的稳定性。