本发明涉及一种点云压缩存储方法及系统，属于GIS信息技术领域，具体涉及一种基于时空数据融合的三维点云压缩存储方法及系统。本发明通过对点云数据存储格式的改变，结合分网格存储多版本点云数据的思路，将不同时间的、具有相同位置信息的点云数据融合后一体化存储，从而实现了同一区域和同一几何对象多版本数据的压缩存储，可有效提高海量点云数据的存储效率、节省存储空间；同时，三维点云数据的融合一体化压缩存储方式，也能为其它具有三维属性的时空数据，提供辅助和借鉴作用。