本发明公开了一种疏水二氧化硅气凝胶及其制备方法，该疏水二氧化硅气凝胶包括如下重量份的原料组分：硅溶胶100～200份、水300～1000份、双模板剂0.5～12份、pH稳定剂10～30份、有机扩孔剂2～15份和疏水改性剂50～100份。本发明的疏水二氧化硅气凝胶相比传统的疏水二氧化硅气凝胶，具有比表面积较大，疏水性能优异且质量轻的优点，并且采用硅溶胶作硅源一步法合成湿凝胶，继而通过一步法置换和改性，减少了制备时间；通过循环抽滤、分相排水的方法，补加改性剂循环，减少了疏水改性的使用成本，低温真空干燥降低了能耗，更有利于工业化生产。