本发明提供的一种基于电动离合的多输出轴变速箱，包括：变向传动箱，所述变速传动箱与风机模块连接；变速传动箱，所述变速传动箱与所述变向传动箱连接；主传动箱，所述主传动箱与所述变速传动箱连接，所述主传动箱与行走模块及采摘模块连接。与现有技术相比，本发明的有益效果如下：通过控制系统对电机以及电磁离合器控制其运动使得变速箱与车辆的行走模块、采摘模块、风机模块的传动进行分离和贴合；采用变向传动箱来对风机模块进行传动，采用变速传动箱来控制变速箱的传动比、采用主传动箱对行走模块、采摘模块进行传动，可以满足中型采棉机的传动要求。