本发明公开了与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用，属于分子检测技术领域。所述indel分子标记SEQ7593定位于中国南瓜第10号染色体上，大小为280bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述indel分子标记SEQ7593可直接用于光周期不敏感性状分子标记辅助育种体系的建立。根据indel分子标记设计的引物扩增可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种，为南瓜光周期不敏感分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。