本发明涉及一种选择离子筛除设备，包括连接飞行时间质量分析器的脉冲电源；脉冲电源调节脉冲参数，向飞行时间质量分析器反射区的反射板输出反射脉冲；脉冲参数包括脉冲个数；反射板根据反射脉冲，对到达反射板上的待选择离子进行定量筛除。脉冲电源调节反射脉冲的脉冲个数，使得飞行时间质量分析器通过反射板能够实现对待选择离子筛除的定量控制，反射板可以通过定量次筛除将需筛除的离子筛除，需保留的离子反射至检测区进行检测，极大提高了检测区的检测器的使用寿命。飞行时间质量分析器根据改变了脉冲个数的反射脉冲，从而实现了对待选择离子的定量选择性筛除。