本发明提供了一种基于药物靶点相似性度量的中药复方临床疗效与适应症的比较分析方法。所述方法基于中药复方的中药化学成分及其对应的靶点(基因或蛋白)，整合了生物网络构建与模块划分、组方配伍加权、基因集对比分析及相似性度量等方法来比较不同中药复方针对同一疾病或表型(症状)的临床效益。具体步骤包括：获取中药复方的化学成分集合；获取化学成分集合对应的作用靶点集合；构建靶点网络及划分网络模块；根据中药复方的配伍关系进行相应的靶点加权；获取疾病或表型(症状)的相关基因集合；中药复方靶点、网络和模块靶点、加权靶点分别与疾病或表型基因进行基因集对比分析，利用相似性系数比较不同中药复方对同一疾病或表型的相关性。本发明可应用于中药复方临床定位、中药复方适应症选择、中药复方比较效益分析等领域。