本发明提供了一种多套并列运行的反渗透系统及其启停控制方法，该系统包括：前置水箱、四台给水泵、四台反渗透设备、产水水箱、一冲洗泵及多条管道；四台给水泵并联连接在前置水箱的出口阀门至反渗透设备进水母管之间的管道上，四台反渗透设备并联连接在反渗透设备进水母管至产水水箱之间的管道上；在反渗透设备进水母管至各反渗透设备的管道上分别依次设有一高压泵及一进水电动门；所述冲洗泵连接在产水水箱至冲洗母管之间的管道上，所述冲洗母管通过管道与各反渗透设备分别连接。