本发明公开了一株拮抗链球菌的凝结芽孢杆菌及其应用，该菌株已保藏在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号：CGMCC No.12196。将该菌株制成菌粉，可添加到动物饲料中，也可作为拮抗链球菌的微生物制剂应用，用含有该菌株的饲料饲喂罗非鱼可有效防治链球菌病。将该菌和枯草芽孢杆菌、约氏乳杆菌进行混合，制成复合微生态制剂，可以提高罗非鱼的生长性能、提高肝脏超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和血清中溶菌酶的活力。另外，该菌发酵液还可以用作养殖环境改良剂，将上述菌的发酵液泼洒到罗非鱼养殖池塘，可降低养殖水体中链球菌的数量，还可以在低氧条件下清除水体中的亚硝酸盐。