本发明提供了一种抽能电抗器抽能绕组匝间零序差动保护方法和装置，先获取高抗绕组的零序电流和抽能绕组的零序电流，然后确定抽能绕组匝间零序差动保护判据和零序过电流启动判据，最后判断抽能绕组匝间零序差动保护是否动作，不仅避免了抽能绕组匝间保护的误动作，还能够保证电力系统的安全稳定运行。本发明只采用高抗绕组和抽能绕组的零序电流，抽能绕组匝间零序差动保护判据与抽能电抗器参数相关，与电力系统参数无关，大大提高了抽能绕组匝间零序差动保护的可靠性和灵敏性，抽能绕组匝间零序差动保护动作速度快。