本发明公开了一种平板热管微通道复合散热器，其从下到上依次包括平板热管、微通道、上层密封盖板。所述平板热管包括下层蒸发端和上层冷凝端，以及两端面之间密封形成的密闭容腔，容腔内部填充液体工质，容腔内表面分别制备一层蒸发面吸液芯和冷凝面吸液芯结构。在上层冷凝端上表面直接加工出微通道结构，下表面则制备一层冷凝面多孔吸液芯，所述微通道与上层密封盖板密封后形成微流道，通冷却液进行散热。本发明还提供了上述平板热管微通道复合散热器的制造方法。上述平板热管微通道复合散热器制造工艺简单、生产成本低，结构紧凑，体积小，减少了一层热管到翅片之间的接触界面，显著减小传热热阻，同时利用微通道液冷方式大大提高了散热效率。