本发明公开了一种基于遥感资料的区域碳通量估算方法，用中尺度气象模式（WRF）输出结果，为植被光合呼吸模型（VPRM）提供目标区域范围的空间信息和所需的气象场数据；提取高精度植被类型资料（SYNMAP，分辨率为1 km），对目标区域土地利用类型进行分类；通过中高分辨率遥感资料（MODIS09A1）反演得到增强型植被指数（EVI）和地表水分指数（LSWI）；将EVI、LSWI等参数通过空间差值方式放入到目标区域格点；针对不同地区特征，采用1年以上历史观测资料，利用光响应方程（Michaelis-Menten）对这些参数进行优化；最后，基于以上资料，使用VPRM模型对目标区域进行碳通量计算。