本发明涉及一种异形翻转式吻合器，它包括钉仓、设于钉仓前侧的抵钉座组件、控制抵钉座组件沿钉仓中心轴伸缩及旋转的驱动组件以及吻合操作组件；所述抵钉座组件包括扁状的抵钉座、设于抵钉座后侧且与抵钉座相互铰接的卡簧管以及连接在抵钉座和卡簧管之间的翻转触发件，且抵钉座铰接轴与抵钉座短轴相平行。本发明的目的在于提供一种异形翻转式吻合器，可有效避免缝合口瘘等缝合不良问题。本发明的优点在于：本发明中抵钉座采用扁状设计，其长轴和短轴存在长度差，缝合完成后将抵钉座沿短轴翻转，并将其短轴转动至缝合圈的长轴位置，可顺利将抵钉座脱出，而不会刮伤钉合的组织。