本发明涉及一种光伏电站系统性能比加权在线评估方法及系统，通过上位机操作系统发指令对各模块GPS校时进行同步高精度测量，各模块与上位机之间通过高速无线传输装置建立通讯，数据实时传输到上位机数据库，通过上位机分析得到各子系统性能比(PR)，再根据测试期间各子系统组件实际运行容量占全站光伏组件实际运行容量的比重进行加权计算，得到光伏电站整体系统性能比(PR)，性能比(PR)变化情况可实时呈现在上位机界面，也可通过报表形式导出各子系统及光伏电站整体系统的日PR值、月PR值以及年PR值。本发明提供的技术方案增大了评估方法的适用范围，可以长期在线测试与评估，提高了评估数据的丰富性、客观性与可靠性。