本发明公开了一种钢轨对排流网过渡电阻监测系统及其控制方法，其中，监测系统为：智能控制模块与微机管理系统通过以太网接口连接，接收微机管理系统的指令，并向微机管理系统上传错误信息和监测结果；智能控制模块与钢轨电位限制装置通过通信线缆连接，接收钢轨电位限制装置的运行状态信息；智能控制模块与排流柜内排流支路开关通过通信线缆连接，在监测时控制排流支路保持关断；智能控制模块与供电模块通过通信线缆连接，接收电流数据，控制供电模块通断；智能控制模块与高精度测量模块通过通信线缆连接，接收电压数据，并根据电流、电压计算、显示、上传和保存钢轨对排流网过渡电阻。本发明监测准确，操作简单，可靠性高，易于维护。