本发明涉及一种石灰石石膏法脱硫废水零排放处理方法及系统，该方法包括以下步骤：1)将改性粉煤灰加入滤液箱中，滤液箱中的浆液输送至吸收塔；2)吸收塔内脱硫后输出的浆液送至水力旋流站，粒径较大的浆液流至底流出口，然后下流至真空皮带机，粒径较小的浆液流至溢流出口，然后下流至真空皮带机；3)浆液经过真空皮带机的真空抽滤，改性粉煤灰与盐分结晶停留在石膏上后，连同石膏一起运出，真空抽滤后的浆液流出；4)真空抽滤后的浆液经过滤流至滤液箱内。与现有技术相比，本发明能够非常方便的脱硫废水进零排放处理，且工艺简单，能够实现真正意义上的脱硫废水零排放，具有推广价值。