本发明提出一种重组猪α-干扰素、其制备方法及其应用，属于基因工程领域，该重组猪α-干扰素具有高抗病毒活性，可有效应用于畜禽病毒性传染病防控方面。该技术方案包括通过对猪α-干扰素基因优化、RNA二级结构优化及某些常见内切酶位点消除后克隆至pET-23b(+)载体上转化大肠杆菌进行诱导表达，经包涵体分离变性纯化复性后，获得重组猪α-干扰素。本发明提供的重组猪α-干扰素效价很高，抗病毒活性可达1010U/mg，能够有效应用在预防和治疗畜禽病毒性疾病方面。