本发明公开了一种基于近红外光谱的烟叶部位特征提取及判别方法，包括如下步骤：提供K个烟叶样品，在近红外光谱仪上采集其样品光谱并进行预处理；执行N次抽样，计算抽取样本中每个波数点与部位的相关性p及每个波数点样本的同部位内与部位间距离比d；记录N次抽样后的相关性矩阵P及距离矩阵D，计算P与D的平均值及标准差Pm、Ps、Dm、Ds；给定阈值t1、t2、t3，确定满足阈值条件的波数点；合并满足条件的波数点作为特征点，利用特征点的光谱与部位标签进行建模；采集待测样本的近红外光谱，利用建立的模型进行预测，判断待测样本的烟叶部位。本发明通过筛选光谱中与烟叶部位相关的特征波数点建模，实现对同一产地烟叶的部位识别。