本发明提供了一种微波消毒机构以及微波消毒设备，包括安装架以及两个以上的微波发生组件，安装架上设置有两个以上的安装孔，每个微波发生组件包括微波发生器以及矩形波导，矩形波导上设置有供微波传输的传输通道，微波发生器的发射端连通传输通道，矩形波导上设置有至少一个条形微波能馈口，每个条形微波能馈口的长度方向沿矩形波导的长度方向延伸，微波发生组件安装在安装架上，矩形波导穿设于对应的安装孔中。该微波消毒机构在进行土壤加热消毒时，能够使土壤加热更加均匀，改善加热过程中出现的局部高温现象，不易损坏土质，提高消毒效率，节省能源。