本公开涉及一种处理禽畜养殖废弃物的方法，该方法包括如下步骤：(1)使禽畜养殖废弃物和补充碳源物质混合得到发酵原料；(2)在外加电场中，使所述发酵原料在异位发酵床中进行异位发酵处理，得到发酵产物。该方法通过将电动力修复技术应用于异位发酵床中，电渗析和电迁移作用能够促进异位发酵床中物质的迁移和运输，促进抗生素在阳极氧化和阴极还原作用下发生转换，实现禽畜养殖废弃物中中抗性基因和耐药菌的有效去除，同时实现重金属离子在电场下迁移与富集，最终实现在改进堆肥效率、缩短堆肥时间的同时，对禽畜养殖废弃物中的抗生素、抗生素耐药菌、抗生素抗性基因及重金属污染起到很好的消减效果，最终形成安全的畜禽废弃物资源化产品。