本发明提供了一种车载程序文件加密方法和系统，涉及电子电气技术领域。该车载程序文件加密方法包括：远程服务器获取待下载车辆的车辆唯一识别码；将车载程序文件中的数据划分为一个以上的数据片段；利用车辆唯一识别码和一个以上的数据片段，生成一个以上的目标数据片段，并计算得到一个以上的目标数据片段各自的消息认证码，至少一个目标数据片段中包括车辆唯一识别码；利用密钥和高级加密标准AES对一个以上的目标数据片段进行加密；基于加密的一个以上的目标数据片段，以及一个以上的目标数据片段的消息认证码，生成一个以上的加密子文件。利用本发明的技术方案能够提高汽车控制的安全性。