本发明涉及一种利用微波辐照处理小麦籽粒来生产稳定化全麦粉的方法。本发明的方法利用润麦处理使水分在小麦籽粒中发生迁移，不希望受理论所限，该润麦处理造成小麦籽粒皮层和胚芽水分含量高于内部胚乳，随后再采用微波辐照对润麦调制小麦籽粒进行处理，因皮层和胚芽水分含量高于胚乳，在微波辐照处理时升温也会越高，从而，在有效钝化皮层和胚芽中脂肪酶活性的同时对胚乳的劣化影响较小。借助于本发明的方法，可显著降低全麦粉的脂肪酶活性，同时湿面筋的损失较小，全麦粉货架期明显提升，可达3个月。