本发明公开了一种动态补偿脉冲电路，包括：信号生成模块，用于生成初步秒脉冲信号；标准信号模块，用于接收标准秒脉冲信号，并捕获标准秒脉冲信号的上升沿时点；处理器，用于根据标准秒脉冲信号的上升沿时点制作更新存储数值；信号调节模块，分别与信号生成模块和处理器连接，用于接收更新存储数值；信号调节模块由初步秒脉冲信号启动，将更新存储数值传送至信号生成模块；信号生成模块根据更新存储数值生成更新秒脉冲信号。本发明的优点和有益效果在于：消除了通道传递时延对时间同步时钟精度的影响，实现了动态补偿脉冲电路与标准时间源的时钟同步，保证了标准时间源与被同步设备之间的时钟同步，并且结构简单、成本低廉。